一、两者之间的性质不同
分公司是指一个公司管辖的分支机构，是指公司在其住所以外设立的以自己的名义从事活动的机构。分公司不具有企业法人资格，其民事责任由总公司承担。虽有公司字样但并非真正意义上的公司，无自己的章程，公司名称只要在总公司名称后加上分公司字样即可。
子公司是在国际商务中指由母公司投入全部或部分股份，依法在世界各地设立的东道国法人企业。子公司在法律上独立于母公司，并拥有独立而完整的公司管理组织体系，因而在经营方面具有较大的独立性和一定的灵活性。同时，子公司的经营活动也要受到母公司的控制，要服从母公司的总体战略和总体利益的需要。但这种控制是间接的，也与母公司拥有股权的比例正相关。
二、两者的法律地位不同
子公司在法律上具有独立的法人资格，对外开展的生产经营活动，能够以自己独立的财产承担法律责任。
而分公司则不具有独立的法人资格，其对外开展的生产经营活动、民事责任由总公司承担。
三、税收角度的区别
设立分公司还是通过控股形式组建子公司，在纳税规定上就有很大不同。由于分公司不是一个独立法人，它实现的盈亏要同总公司合并计算纳税，而子公司是一个独立法人，母、子公司应分别纳税，而且子公司只有在税后利润中才能按股东占有的股份进行股利分配。
一般说来，如果组建的公司一开始就可盈利，设立子公司就更为有利。在子公司盈利的情况下，可享受到当地政府提供的各种税收优惠和其他经营优惠。如果组建的公司在经营初期发生亏损，那么组建分公司就更为有利，可减轻总公司的税收负担。在市场竞争日趋激烈的条件下，一切合法的有利于提高企业经济效益的措施均是企业考虑的重点，而选择有利于纳税优惠的组织形式，正是达到这一目标的重要途径之一。
四、产品包装标注不同
1、子公司在产品外包装上必须标注本公司的名称和住所。
2、分公司可以标注自己的名称、住所，也可以同时标注总公司的名称、住所，还可以只标注总公司的名称、住所。
五、受控制方式不同
1、一般母公司对子公司不直接控制，而是通过任免子公司的董事会成员、作出投资决策/决定等方式达到影响子公司的生产经营活动目的。
2、分公司的人事、业务、财产受总公司的直接控制，在总公司的经营范围之内从事生产经营活动。
