企业个税申报系统操作流程步骤如下：
1.在电子税务局中，通过“代扣代缴个人所得税”—“个税明细信息上传下载”—“个税明细下载”，下载初始化文件并导入个税客户端。
2.在个税客户端进行个税申报并生成申报文件。
3.可以通过“代扣代缴个人所得税”—“个税明细信息上传下载”—“个税明细上传”，上传申报文件，进行申报。
4.申报成功后，在“个税明细下载”中下载反馈文件并导入个税客户端以完成申报业务。
《个人所得税扣缴申报管理办法》第三条扣缴义务人每月或者每次预扣、代扣的税款，应当在次月十五日内缴入国库，并向税务机关报送《个人所得税扣缴申报表》。第五条扣缴义务人首次向纳税人支付所得时，应当按照纳税人提供的纳税人识别号等基础信息，填写《个人所得税基础信息表(A表)》，并于次月扣缴申报时向税务机关报送。第六条扣缴义务人向居民个人支付工资、薪金所得时，应当按照累计预扣法计算预扣税款，并按月办理扣缴申报。
