个人独资企业和个体工商户都是自然人出资，这是它们的共同点，但它们之间的不同很明显：
(1)个人独资企业仅能以个人出资设立；个体工商户则可以是一个自然人设立，也可以是家庭出资设立。
(2)个人独资企业，投资人以其个人财产对企业债务承担无限责任；仅在企业设立登对明确以其家庭共有财产作为个人出资的，才依法以家庭共有财产对企业债务承担无限责任。而根据《民法通则》第29条的规定，个体工商户的债务如属个人经营的，以个人财产对企业债务承担无限责任，属家庭经营的，以家庭财产对企业债务承担无限责任。
(3)依据的法律不同。个人独资企业依照《个人独资企业法》设立，个体工商户依照《民通则》、《城镇个体工商户管理暂行条例》及其实施细则的规定设立。
(4)个人独资企业是经营实体，是一种企业组织形态，性质上属于非法人组织，具有团体人格的组织体属性。个体工商户则不采用注册上海公司等企业形式，不具有组织体的属性。《个人独资企业法》颁布之前，我国曾以雇工人数对个人独资企业与个体工商户加以区别，雇工人数在8人以上者为个人独资企业，雇工人数不足8人者为个体工商户。显然，这种区分标准缺乏科学性，《个人独资企业法》颁布后不再采用这一标准，即雇工人数少于8人的也可设立独资企业，关键看是否进行了独资企业登记，领取独资企业营业执照。
