在自贸区注册公司的好处如下：
1、低门槛：注册公司不需承担资本，注册公司资金门槛降低。资金只需要在规定时间内到位即可。
2、无年检：国家工商总局发出通知，自2014年3月1日起正式停止企业年度检验工作，年检改为年度报告公示制度。
3、优惠政策：享受园区优惠。自贸区内的企业可以分期缴纳税，自由贸易区的企业会员之间有业务往来无须缴税，但有税务监管，自由贸易区的企业和香港公司企业一样，不用每个月都交税，而是实行年报，根据账户交易确认收入做账，和国外模式一样。另外，所得税和增值税将享受国家财政补贴。
4、贸易自由：在自贸区注册公司，货物在海外及自贸区之间进出、存储自由，免征收入关税收的正式办理时间，从原来的20个工作日增加到现在的4个工作日。办事效率要比区外要快。
6、货币流通自由：接收多币种，金融便捷，资金交割比较方便。这个账户可以同时接受美元、欧元、港元、且意愿结汇。区外收美元，但区外的外币账户每一笔款都要走外管局审批的。
