办理食品经营许可证的费用会根据当地工商局收费标准不同而有波动，如果你选择代理的话费用就需要再加上代理费用。如果是工商局，只是需要工本费，但是办理流程繁琐，比较慢。选择代理的话就比较快，一般就几千元左右，具体要看代办公司出价。
法律依据《食品经营许可管理办法》第一条为规范食品经营许可活动，加强食品经营监督管理，保障食品安全，根据《中华人民共和国食品安全法》《中华人民共和国行政许可法》等法律法规，制定本办法。第二条在中华人民共和国境内，从事食品销售和餐饮服务活动，应当依法取得食品经营许可。食品经营许可的申请、受理、审查、决定及其监督检查，适用本办法。
办经营许可证所需材料
1、个体户负责人需提供5寸彩色照片;
2、负责人身份证原件及复印件;
3、经营场所的证明文件，如房产证、租赁凭证等。
4、营业执照原件;
5、公章;
6、负责人健康证，(可在医院办理，一般几十块钱);
7、经营场所的平面图。
准备好以上材料在食品监督管理局官网申请提交后，会有专门的人员来核验经营场地。营业执照是经营的通行证，如果打算自己经营某种行业，首先就必须到当地的工商部门登记注册个体工商户营业执照。
