医疗器械经营许可证是经营三类医疗器械必须要办理的资质，整个办理流程主要有以下几步：
1.申请。申请人向所在地的市场监督管理局或所在地分局窗口提出申请，提交申请材料。
2.受理。接件受理人员核验申请材料，当场作出受理决定。申请人符合申请资格，并材料齐全、格式规范、符合法定形式的，予以受理;申请人不符合申请资格或材料不齐全、不符合法定形式的，接件受理人员不予受理，出具《不予受理通知书》。申请人材料不符合要求但可以当场更正的，退回当场更正后予以受理。受理过程中，发现材料需补正的5个工作日内向申请人提出补正要求，出具《补正材料通知书》，申请人按要求补正后重新受理。
3.审查。受理后，审查人员对材料进行审查，在3个工作日内作出审查决定。符合审批条件的，出具《医疗器械经营许可证》；不予通过的，出具《不予许可决定书》。
4.领取结果。申请人按约定的方式到市场监督管理局或各分局取证窗口领取《医疗器械经营许可证》。
一般来讲，整个流程走下来的大概需要一个半月左右的时间。当然这是在顺利的前提下所需要的时间，如果时候企业自己申请的话，可能会因为不熟悉流程或者材料准备不全导致办理时间拉长，所以一个经验丰富的代理公司就非常有必要，不仅可以大大缩短办理的周期，还能为公司节省时间和精力，让公司有更多的时间拓展自身业务。
