1、罚款、补水、滞纳金
对于长期零报税的企业，会被罚款，严重的还会被稽查。首先税务机关会把纳税人纳入重点的监控范围内，然后进行相关的纳税评估，如果被评估发现隐瞒收入，虚开发票等行为的，则就要补缴纳税款和滞纳金。
2、税务走逃户、黑名单
如果企业长期零申报，可能会被税务局纳入为走逃户，纳入走逃户很严重，会被纳税人重大的失信黑名单中并且对外公告，还会被评估定位D级的纳税人，被评估为D级纳税人，就得承担D级纳税人的所有后果。
3、发票降版降量
如果企业长期零申报，并且纳税人持有发票的，则发票就会被税务降版降量，还要纳税人定制到税务机关进行发票核查。
4、一刀切式补税
如果企业长期零申报，被税务机关核查到，税务局就会采用成本费用的公司核定纳税人的收入。
